Op basis van een evaluatie heeft de Vlaamse Regering het instrument Watertoets bijgestuurd. SERV en Minaraad brachten samen een advies uit over de aanpassingen.
De actualisatie van de kaart van de overstromingsgevoelige gebieden is volgens SERV en Minaraad een maatregel van goed bestuur mits ruime openbaarheid en transparantie. Detaillering van de kaart tot op perceelsniveau of nog fijner is heel belangrijk om zicht te krijgen op de impact van een project. De raden vrezen dat de combinatie van een toename van gebieden met verplichte adviesvraag kan leiden tot overbelasting van de overheden. Daarom suggereren ze om een onderscheid te maken tussen adviesvraagplicht voor kritische zones waar externe effecten buiten het perceel te verwachten zijn en een niet verplichte adviesvraag voor niet-kritische gebieden waar het risico enkel voor het perceel zelf geldt. De raden steunen de vraag om informatie over de bouwcriteria in een aantal types van gebieden. Tot slot vragen de raden zich af of reliëfwijzigingen (vanaf een minimale oppervlakte) niet opgenomen moeten worden bij de adviesplichtige werken.
Naar aanleiding van de overstromingen in november 2010 is een bijkomende evaluatie van de watertoets uitgevoerd. Ook het Vlaams Parlement heeft uitvoerig gedebatteerd over de kwestie. Op korte termijn zijn dus nog bijsturingen aan het instrument watertoets gepland. Om hierop te anticiperen bereiden SERV en Minaraad momenteel een advies voor op eigen initiatief.