Vlaanderen voert al ruim twintig jaar een eigen havenbeleid. Sinds 1989 is de Vlaamse Overheid bevoegd over alle openbare werken in de havens, de waterwegen, de loods- en bebakeningsdiensten van en naar de havens en de reddings- en sleepdiensten op zee.

Enkele belangrijke data voor het Vlaamse havenbeleid:

• 1 januari 1989: het havenbeleid wordt een regionale bevoegdheid.
• Eind 1989: de Vlaamse Havencommissie (VHC) ziet het levenslicht.
• 2 maart 1999: het havenbeleid krijgt meer structuur door het Havendecreet met nadruk op de autonomie van de havens, eenvormige werkingsvoorwaarden, regels voor samenwerking tussen overheid en havenbesturen en het financieringsbeleid.
• 2007: start Flanders Port Area. Met dit actieprogramma ondersteunt de overheid de werking van de Vlaamse havens.