De principes die aan de basis liggen van het hoofdstuk IV, "Financiering" in het Havendecreet, zijn de volgende:

• Het Vlaams gewest is verantwoordelijk voor de aanleg, de instandhouding, met inbegrip van het verwerken van de specie, en het onderhoud van de maritieme toegangswegen en de basisinfrastructuur (art. 29).
• Een gedeeltelijke tussenkomst van het Vlaams gewest voor de infrastructuur die als 'commercieel exploiteerbaar' (kaaimuren, dokken, ...) kan worden beschouwd. In de praktijk blijkt dat de maximale steun daalt van 60% tot 20%, hoewel deze precisering pas in de uitvoeringsbesluiten tot uiting komt. In het decreet wordt niet gesproken over de hoogte van deze steun. Dit houdt duidelijk een grotere responsabilisering in van de havenbedrijven.
• Geen tussenkomst van het Vlaams gewest in de aanleg van suprastructuur.
• Een tussenkomst van het Vlaams gewest voor taken van algemeen belang waarvoor de havenbedrijven instaan. Het gaat met name om de diensten die worden geleverd door de havenkapiteindiensten (art. 32), voor zover deze expliciet kunnen worden toegewezen aan de verkeersafwikkeling, de veiligheid en de vrijwaring van het milieu.
• Het financieringsregime van het Havendecreet heeft beoogd aan te sluiten bij de Europese ontwikkelingen inzake havenfinanciering en staatssteun door enerzijds de havenbesturen verregaand te responsabiliseren bij de aanleg van commercieel exploiteerbare infrastructuur en door anderzijds het Vlaams gewest financieel verantwoordelijk te maken voor het vrijwaren van de algemene maritieme toegankelijkheid en de aanleg en instandhouding van de basisinfrastructuur. De uitvoeringsbesluiten die betrekking hebben op de financiering van de havens werden aan de Europese Commissie voorgelegd. Wat de tussenkomsten van het Vlaamse Gewest betreft die betrekking hebben op de havenkapiteindiensten werd reeds in 2002 toestemming verleend door de Europese Commissie (zie persbericht van 16 oktober 2002). Op 20 oktober 2004 heeft de Europese Commissie een hele reeks andere maatregelen goedgekeurd, o.m. voor investeringen in en onderhoud van infrastructuur en baggerwerken (zie persbericht van 20 oktober 2004). In beide gevallen beschouwt de Europese Commissie de tussenkomsten van het Vlaamse Gewest niet als steunmaatregelen zoals bedoeld in het EG-Verdrag.
• Het financieringsregime moet objectief zijn en alle Vlaamse havens op een gelijke wijze behandelen. Hoewel dit nergens expliciet wordt uitgelegd, is het logisch dat het nieuwe financieringsregime een eenvoudig interpreteerbare set van regels moet inhouden die ervoor zorgt dat de financiële middelen op optimale wijze wordt toegewezen aan de havenbedrijven en/of havenprojecten.