De duidelijke en transparante relatie tussen de zeehavens en het Vlaams gewest is zonder twijfel één van de basisprincipes geweest bij het opstellen van het Havendecreet. Het tegendeel zou immers niet zinvol zijn. Het Havendecreet is echter een kaderdecreet dat per definitie op veel plaatsen nog ruimte laat voor verduidelijking. In het gunstigste geval kan dus van duidelijke en transparante regels gesproken worden als het geheel van Havendecreet en uitvoeringsbesluiten wordt bekeken.

Onder "duidelijke relatie" moet dan worden verstaan een relatie waarbij het voor elk van de partijen (havenbedrijven en gewest) geheel duidelijk is welke taken, bevoegdheden, rechten, plichten, verantwoordelijkheden, baten en kosten toegewezen kunnen worden aan welke partij. De regels die deze relaties duidelijk maken moeten ondubbelzinnig zijn en mogen niet uitmonden in onnodige bureaucratie.

Onder "transparante relatie" moet dan worden verstaan een relatie waarbij het voor elk van de partijen (havenbedrijven en gewest) op eenvoudige wijze mogelijk is om de informatie te verkrijgen die inzicht verleent in alle facetten van de relatie. Zowel de goodwill van alle partijen om de juiste informatie te verstrekken als de eenvoud van de informatie speelt hier een rol.